Система особо охраняемых природных территорий (ООПТ) в Томской области начала формироваться в 1960 г., когда для сохранения русской выхухоли был создан заказник «Таганский», который впоследствии вошёл в границы заказника «Томский». В 1962 г. утверждён первый перечень особо охраняемых объектов природы Томской области, имеющих хозяйственное, научное, культурное, эстетическое значение. В 1975 г. памятниками природы было признано 13 ценных водных объектов. В 1980 г. под охрану было взято 29 пригородных и припоселковых кедровников как памятников природы. Далее до 1995 г. памятниками природы объявлено еще 60 уникальных природных объектов. При этом границы и схемы расположения охраняемых территорий не были утверждены, режим охраны был установлен лишь для 35 памятников природы.
В настоящее время на территории Томской области расположено 109 ООПТ регионального значения:
– 18 заказников,
– 70 памятников природы,
– 1 ботанический сад,
– 15 ландшафтных парков,
– 5 территорий рекреационного назначения.
Постановлениями Администрации Томской области утверждены границы для 92 ООПТ областного значения. В Единый государственный реестр недвижимости внесены сведения о 92 ООПТ.
На территории Томской области находятся природные объекты, имеющие международное значение:
– в список Рамсарской конвенции о водно-болотных угодьях включены:
- болотная система «Улух-Чаях» включающая в себя ландшафтный парк областного значения «Болотная система Улух-Чаях»;
- водно-болотные угодья «Большое Васюганское болото» включающие в себя государственный ландшафтный (комплексный) заказник областного значения «Васюганский»;
- «Бассейн реки Польта» включающий в себя государственный зоологический заказник областного значения «Польто»;
– в предварительный список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО включено Большое Васюганское болото;
– ключевые орнитологические территории программы Союза охраны птиц России по защите мест с наибольшей плотностью птиц в период гнездования, линьки, зимовки или миграции, являющейся частью международной программы ImportantBirdAreas:
- «Водораздельная», включающая в себя государственный зоологический заказник областного значения «Кеть-Касский»;
- «Першинско-Манаткинский участок», включающая в себя государственный зоологический заказник областного значения «Першинский»;
- «Среднее Причулымье», включающая в себя государственный биологический заказник областного значения «Осетрово-нельмовый» и ландшафтный парк «Болотная система Улух-Чаях».