Длина реки 78 км, из них в пределах г. Томска — 22 км. Площадь водосбора — 744 км². Средняя ширина русла: 7 — 15 м в межень, 30 — 50 в паводок. Средняя глубина — от 0,2 м на порогах до 1,2 м на перекатах. Среднегодовой расход в районе Степановки — 4,35 м³/c.

Ушайка берёт начало в северных отрогах Кузнецкого Алатау. Населённые пункты на реке — деревни Аркашево, Большое Протопопово, Малое Протопопово, Мирный, Заварзино; в устье Ушайки находится город Томск. В настоящее время Ушайка несудоходна, хотя ещё в XIX веке использовалась для перевозки грузов. Летом река сильно мелеет, в половодье же течение быстрое и мощное. Благодаря предпринимаемым экологическим мерам и сокращению промышленного производства, в последние годы в Ушайке стали наблюдаться небольшие косяки рыб. По прогнозам экологов, Ушайка может стать достаточно чистой через 7-10 лет.