Глубоководный замкнутый водоем с особым составом воды. По своему происхождению озеро Мундштучное – типичное материковое котловинное озеро. В центральной части прослеживается воронкообразная впадина с фантастическими для томских водоемов глубинами: удалось подтвердить замерами с помощью размеченного троса до глубины 47 м, а глубина, показанная эхолотом, превышала 55 м. В озере много рыбы. И что самое удивительное анализ пробы воды, отобранной в озере, показал присутствие в ней серебра. К безусловным уникальным особенностям химического состава воды оз. Мундштучное следует также отнести малое содержание взвешенных веществ и низкий показатель сухого остатка. Кроме того, вода в озере необычайно «мягкая».