Перечень редких и находящихся под угрозой исчезновения виды в Шегарском районе Томской области
Животные:
| Водолюб большой темный – Hydrophilus piceus |
| Ктырь горбатый – Laphria gibbosa |
| Плавунец лапландский – Dytiscus lapponicus |
| Рогачик жужелицевидный – Platycerus caraboides |
| Рогачик однорогий – Sinodendron cylindricum |
| Цикада горная – Cicadetta montana |
| Шмель моховой – Bombus muscorum |
| Шмель патагиатус или окаймленный – Bombus patagiatus |
| Длинка сибирская или макромия сибирская – Macromia amphigena fraenata |
| Обыкновенный уж – Natrix natrix |
| Обыкновенный тритон – Lissotriton vulgaris |
| Прыткая ящерица – Lacerta agilis |
| Бородатая неясыть – Strix nebulosa |
| Обыкновенный осоед – Pernis apivorus |
| Хрустан – Eudromias morinellus |
| Овсянка-ремез – Emberiza rustica |
| Сапсан – Falco peregrinus |
| Серый журавль – Grus grus |
| Кречет – Falco rusticolus |
| Обыкновенный зимородок – Alcedo atthis |
| Дербник – Falco columbarius |
| Большой веретенник – Limosa limosa |
| Большой кроншнеп – Numenius arquata |
| Большой подорлик – Aquila clanga |
| Кобчик – Erythropus vespertinus |
| Лебедь-кликун – Cygnus cygnus |
| Черный аист – Ciconia nigra |
| Обыкновенный ремез – Remiz pendulinus |
| Орлан-белохвост – Haliaeetus albicilla |
| Серая куропатка – Perdix perdix |
| Серая цапля – Ardea cinerea |
| Обыкновенный серый сорокопут – Lanius excubitor excubitor |
| Скопа – Pandion haliaetus |
| Степной лунь – Circus macrourus |
| Таежный сверчок – Locustella fasciolata |
| Удод – Upupa epops |
| Филин – Bubo bubo |
| Беркут – Aquila chrysaetos |
| Иглохвостый стриж – Hirundapus caudacutus |
| Овсянка-дубровник – Emberiza aureola |
| Красношейная поганка – Podiceps auritus |
| Малая крачка – Sterna albifrons |
| Гуменник – Anser fabalis |
| Малый лебедь – Cygnus bewickii |
| Вертлявая камышевка – Acrocephalus paludicola |
| Большая поганка или Чомга – Podiceps cristatus |
| Белая или полярная сова – Nyctea scandiaca |
| Южный еж – Erinaceus roumanicus |
| Сибирская косуля – Capreolus pygargus |
Растения:
| Бровник одноклубневый – Herminium monorchis |
| Венерин башмачок крупноцветковый – Cypripedium macranthon |
| Зверобой большой – Hypericum ascyron |
| Камнеломка болотная – Saxifraga hirculus |
| Глянцелистник Лезеля – Liparis loeselii |
| Ятрышник шлемоносный – Orchis militaris |
| Щитовник гребенчатый – Dryopteris cristata |
| Ужовник обыкновенный – Ophioglossum vulgatum |
| Мытник скипетровидный – Pedicularis sceptrum-carolinum |
| Кубышка малая – Nuphar pumila |
| Кувшинка четырехугольная – Nymphaea tetragona |
| Хаммарбия болотная – Hammarbya paludosa |
| Скрученник китайский – Spiranthes sinensis |
| Пололепестник зеленый – Coeloglossum viride |
| Лук линейный – Allium lineare |
| Триостренник болотный – Triglochin palustre |
| Полынь Гмелина – Artemisia gmelinii |
| Полынь широколистная – Artemisia latifolia |
| Кокушник длиннорогий – Gymnadenia conopsea |
| Тайник сердцевидный – Listera cordata |
| Бриум Вейгеля – Bryum weigelii |
| Миурелла сережчатая – Myurella julacea |
| Плагиомний густозубчатый – Plagiomnium confertidens |
Грибы:
| Трутовик разветвленный или зонтичный – Polyporus umbellatus |